東京生まれ。父を戦争で亡くし、歌舞伎町でオーダーメイドの洋装店を営む母親(文化服装学院出身)に育てられた。

新宿区立大久保小学校から暁星小学校に編入。暁星中学校・高等学校を経て慶應義塾大学法学部を卒業。その後、文化服装学院へ入学し1969年卒業。同年に装苑賞と遠藤賞とをダブル受賞。以降、プレタポルテを志向するようになる。

1972年に既製服の展開を行う株式会社ワイズ (Y’s) を設立、1977年にワイズにて東京コレクションにデビュー。1990年には三菱銀行、1991年には東海旅客鉄道（JR東海）の新制服をそれぞれデザイン^[3]。1993年のバイロイト音楽祭でワーグナーのオペラ「トリスタンとイゾルデ」の衣装を担当した。

『BROTHER』、『Dolls』等、北野武の映画作品の衣装を数多く手がけ、北野は現在も山本の服を愛用している^[要出典]。2009年、パリ・カンボン店オープン。

2009年10月8日、旧(株)ヨウジヤマモトは民事再生法の適用を申請^[4]。投資会社インテグラル(株)の支援により、直営店および百貨店インショップ、国内外の卸事業は継続。パリ・コレクションも続ける。また山本耀司は、引き続きチーフデザイナーとして、デザイン活動を行う。

2009年12月、インテグラル(株)が設立した新会社が(株)ヨウジヤマモトとして旧ヨウジヤマモト社から事業譲渡を受け再起を果たした。

2014年、RIZZOLIより『Yamamoto & Yohji』刊行。

2014年、スペインのプロサッカーリーグ「リーガ・エスパニョーラ」のトップチーム「レアル・マドリード」のサードユニフォームをデザイン。

2015年、全仏オープンテニスのためのコレクション、「アディダス “ローラン・ギャロス コレクション バイワイスリー” (adidas “Roland Garros Collection by Y-3”)」を発表。同年5月にローラン・ギャロスで開催された全仏オープンテニスで、ジョー=ウィルフリード・ツォンガ選手とアナ・イバノビッチ選手の2人のテニスプレイヤーのほか、大会のボールボーイとボールガールも着用。

2016年1月、山本が手がけるアディダスのスポーツブランド「ワイスリー (Y-3)」が、宇宙旅行ビジネスを行う民間企業ヴァージンギャラクティック社（Virgin Galactic、以下VG社）と協業し世界で初めて宇宙旅行用アパレルの開発を進めていることを発表。1月14日、米・ニューメキシコ州にあるVG社の施設「スペースポートアメリカ」で宇宙飛行士用フライトスーツとブーツの試作品が公開された。